Die Rasse Hovawart kann man noch als
sehr jung bezeichnen. Sein Name leitet sich aus dem mittelhochdeutschen Wort "hovewart" ab - Wächter des Hofs und der Habe. Bereits im Schwabenspiegel, einem aus dem 13. Jahrhundert stammenden Gesetzeswerk, wird der "hovewart" erwähnt. In der Übersetzung heißt es dort: "Ein Hund heißt hovewart, der jemandes Häuser und Höfe Tag und Nacht hütet...". Der Diebstahl eines "hovewarts" wird weiterhin mit einer Geldstrafe von 10 Gulden belegt. Außerdem mußte der Dieb für gleichwertigen Ersatz sorgen. Zehn Gulden waren damals viel Geld, und anscheinend gab es auch schon eine ziemlich umfangreiche Hundezucht, denn sonst wäre die Beschaffung eines Ersatzes wohl nicht möglich gewesen. Die Beschreibung dieser "hovewarte" läßt darauf schließen, daß es bereits damals relativ einheitlich aussehende, große, derbe und kräftige Hunde gab. Wie der frühere Hovawart allerdings wirklich ausgesehen hat, wissen wir nicht.
Das Bild "Hundefamilie mit altem Gaul" von Benno Adam (1869) zeigt jedoch, daß der heutige Rassestandard sich nicht allzu weit von der urwüchsigen Art der damaligen Bauernhunde entfernt hat. Soweit erkennbar, sind sogar alle Farbschläge des Standards in dem Wurf vertreten . Der eigentliche Beginn der Hovawartzucht liegt im Jahre 1922. Damals schlossen sich einige Züchter in Thale/Harz zum "Hovawart-Verein für Deutsche Schutzhunde e.V., Sitz Thale" zusammen. Ziel war die Erhaltung bzw. Rekonstruktion des mittelalterlichen Hofhundes, so wie man sich ihn vorstellte. Dazu suchte und fand man in abgelegenen Gegenden des Harzes und des Odenwaldes sogenannte "Typhunde ", die diesen Vorstellungen weitgehend entsprachen. Diese Hunde wurden mit Schäferhunden, Neufundländern und Kuvasz-Hunden in unterschiedlichen Anteilen verpaart. Dazu kamen Linien mit einem Leonbergeranteil. 1937 wurde der Hovawart als eigenständige Hunderasse offiziell anerkannt.
Nach dem 2. Weltkrieges war der Bestand der Zuchttiere stark zurückgegangen. Die Züchter begannen - zunächst vereinzelt und auf sich alleine gestellt - , die Zucht weiterzuführen und schlossen sich erst im Laufe der Zeit in eigenen Landesgruppen zusammen. So entstanden je nach Region unterschiedliche Hovawarttypen. Ab 1948 gründeten sich im Bundesgebiet verschiedene große Vereine mit einzelnen Landesgruppen, die auch Mitglieder des Verbandes für das Deutsche Hundeswesen sind.
Durch starke Selektionsmaßnahmen wurde der ursprüngliche Gebrauchshundetyp wieder erreicht. Im Ursprungsland wird auf den Gesundheitszustand des Hovawarts sehr großen Wert gelegt. Insbesondere ist die Hüftgelenksdysplasie durch jahrzehntelange Selektion auf HD-freie Tiere bis auf wenige Prozent zurückgedrängt worden. Es wird erwartet, daß diese Bemühungen in allen Hovawart-Zuchtvereinen Nachahmung findet.